Ngày 18 tháng 9 năm 1996, Phạm Sỹ Chiến trên cương vị Phó Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao đã ra công văn số 1333 KSĐT-TA gửi Bộ trưởng Bộ Nội vụ "Kiến nghị hủy bỏ quyết định tập trung cải tạo đối với Trương Văn Cam". Đây là văn bản trái luật nhằm đốc thúc Bộ Nội vụ tha sớm cho Năm Cam ra khỏi trại tập trung giáo dục cải tạo (Trương Văn Cam ở trại cải tạo theo quyết định của Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh).[2] Ông bị buộc tội lợi dụng chức vụ quyền hạn.[3][4]

Tháng 5 năm 2002, Phạm Sỹ Chiến bị đình chỉ sinh hoạt trong ban cán sự Đảng Cộng sản Việt Nam của Viện kiểm sát nhân dân tối cao.[5]

Ngày 10 tháng 10 năm 2002, Thượng tá Nguyễn Thế Bình, Phó Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an, đã kí quyết định khởi tố bị can với tội danh nhận hối lộ, theo điều 279 Bộ luật hình sự, cấm đi khỏi nơi cư trú và khám xét nơi ở ông Phạm Sỹ Chiến, nguyên Phó Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao.[6]

14h chiều ngày 5 tháng 5 năm 2003, Phạm Sỹ Chiến bị Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh tuyên án 6 năm tù giam. Đây là phiên tòa hình sự lớn nhất trong lịch sử tố tụng của Việt Nam tại thời điểm đó.[7]

Ngày 5 tháng 9 năm 2003, Phạm Sỹ Chiến bị bắt tạm giam theo lệnh của Tòa phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao tại TP.HCM.[8]

Tại phiên tòa phúc thẩm tháng 10 năm 2003, Phạm Sỹ Chiến bị tuyên án 6 năm tù Tội nhận hối lộ (thẩm phán chủ tọa là ông Bùi Ngọc Hòa, Chánh Tòa Phúc thẩm - TAND Tối cao tại TP.Hồ Chí Minh).[9][10]

Ngày 27 tháng 4 năm 2005, tù nhân Phạm Sỹ Chiến được Chủ tịch nước Việt Nam đặc xá ra tù trước thời hạn.[11][12]